小阴茎是指阴茎外观正常，长度与直径比值正常，但阴茎体的长度小于正常阴茎长度平均值2.5个标准差以上。症状有：阴茎特小，与年龄不符，但外观正常，其长度与直径比值正常，其长度小于正常阴茎长度的平均长度2.5个标准差以上，有的阴茎海绵体发育不良等等。
小阴茎的诊断
1、诊断标准。用手尽量拉直阴茎，测量耻骨联合至阴茎头顶端的距离为阴茎长度，阴茎长度小于正常阴茎长度平均值2.5个标准差以上时，即可诊断为小阴茎。
2、体格检查。除测量阴茎长度外，还应注意有无与染色体，脑发育异常有关的体征，如眼距宽、小嘴、耳郭位置低、并指（趾）、多指（趾）等，同时了解阴囊发育情况及睾丸位置，数量和大小等。
小阴茎鉴别诊断
1、假阴茎短小症：指阴茎在非勃起状态下，虽然长度小于3cm，但在勃起状态下却能显著地延长，增粗2~3倍，且不影响性生活。
2、潜伏阴茎：指阴茎虽貌似短小，但用手向后推压阴茎旁皮肤时，可露出正常大小的阴茎。
3、天宦：阴茎短小，且睾丸及男性第二副性征发育不全，染色体组型为47，XXY等。
4、阴茎阴囊融全（蹼形阴茎）：指阴囊皮肤向前扩展呈薄皱壁样达阴茎腹侧，成年后影响性生活者为蹼形阴茎。
5、缩阳症：男性会觉得自己的阴茎在不断缩小，甚至缩入腹内，从而产生一种恐惧，是一种癔病，其不发病时如常人，阴茎及副性征发育均正常。
6、阴囊橡皮肿：阴囊过度肿胀，阴茎埋入其中，但有丝虫病感染史，阴囊皮肤增厚，粗糙有皲裂，有时累及股部及下肢皮肤。
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